Según el sacerdote y vecino de Abejar, Don Bernardo de la Torre, el origen de Abejar, proviene de la fusión de tres asentamientos antiguos "parroquias o barrios", como el barrio viejo de la ermita Nuestra Señora del Camino, Piedrahita ("Piedra del sacrificio") y el barrio bajero de Abejar (donde se situaban muchas colmenas).

El despoblado de Piedrahita, se juntó al barrio llamado Abejar, quedando como recuerdo el nombre de la Virgen, las ruinas de las edificaciones y de la ermita. Así, se unieron los barrios de Abejar y de Piedrahita, constituyendo un solo pueblo con una sola iglesia, llamada la iglesia de San Juan Bautista, y que en la actualidad se sigue conservando.

Abejar fue señorío episcopal desde 1352 hasta 1580. Al impulsar el Obispo, el paso de peregrinos por Abejar, hacia Santiago de Compostela, usado sobre todo por los peregrinos aragoneses, se creó el Hospital de San Sebastián , que era una casa construida hace más de 530 años, para hospedaje de pobres y peregrinos.

En 1574, Felipe II la incorporó a su Corona, por Bula papal de Gregorio XIII, concediéndole honores de: "Villa ilustre, Honrada y Buena" (ejecutoria de 16 de marzo de 1582), tal como aparece en su escudo, al precio de 3.191.200 maravedíes, y dicha cuantía tenía que ser satisfecha por los vecinos de Abejar, que efectuaron su pago.

Como en toda la comarca de pinares, la población  en Abejar llegó a su apogeo en los  siglos XVII-XVIII, sobre una economía basada en el tráfico del cultivo, entrando a tomar parte de la Junta y Hermandad de la Real Cañada de Carretería Burgos-Soria.

Por la Villa, junto a la ermita, atraviesa un ramal de la Cañada Real Soriana Occidental, importante vía pecuaria en el S.XVIII.

El 3 de Septiembre del año 1897, tuvo lugar un gran incendio en Abejar. Se quemaron 23 casas, incluida la casa del Ayuntamiento con su archivo municipal, por lo que gran parte de la historia de este pueblo se perdió en aquel devastador incendio que tuvo en vilo a los vecinos de Abejar durante largas horas.